新农合管理系统，是为了满足各地医院实施新型农村合作医疗管理需要，在普通网络版中扩展的一个专门处理新农合接口的客户端。它集中管理与新型农村合作医疗相关的各种数据，并提供新型农村合作医疗的相关的一些专用统计表。
【医院普通网络版简介】：
这是一套基于 .NET Framework 2.0 的新一代医院信息管理系统，也是【慧源软件】研发的第三代医院信息管理系统。这套系统目前共有十八个客户端。这十八个客户端以及每个客户端的各项功能，全部采用“积木式”结构设计，大部分功能模块可以根据用户不同的网络规模和功能需求进行灵活的自由组合，还可以根据医院的规模发展随时扩充增加新的功能模块；既可组合一两台、三五台计算机组成的小规模的网络，也可随时扩展为几十台、几百台计算机互联的大型网络；它采用了许多可动态配置的属性设计技术，许多功能可以由用户方便地定义或者修改；它可以同时处理普通患者、医保患者、新农合患者、IC卡磁卡患者等多种类型的数据；它的许多常变功能已经组件化，仅需要更换一个组件，其功能就改变了，医院专用票据的打印和医保接口都已经组件化；它的许多报表可以导出为xml格式的文件并可用Excel进行编辑与打印。这套系统适合大、中、小型各种医院使用。
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